אגף ההנדסה פועל בהתמדה, במסירות ובנחישות למען הרחבת ההתיישבות בשומרון. אגף הנדסה אחראי על תכנון וביצוע פרויקטים בשטח שיפוט המועצה: קידום תבעו"ת יישוביות; קידום תוכניות מתאר מרחביות; תכנון פיתוח ובניה ציבורית; טיפול בבקשות לבניה פרטית לתושבי המועצה: ומתן פתרונות הולמים לנושא תשתיות זורמות. מטרת האגף לתת לתושבים  טיפול מקצועי הולם, תוך שיפור איכות החיים לתושבי המועצה ושיכלול ממשקי העבודה עם הישובים והתושבים.